Hội  đồng thành viên TKV cũng được quyền quyết định thành lập 2 công ty TNHH một thành viên do Công ty mẹ - TKV sở hữu 100% vốn điều lệ gồm: Công ty TNHH một thành viên Nhôm Lâm Đồng trên cơ sở tổ chức lại Công ty Bauxite Lâm Đồng và Ban Quản lý dự án tổ hợp bauxite - nhôm Lâm Đồng; Công ty TNHH một thành viên Địa chất Việt Bắc trên cơ sở tổ chức lại Công ty Thăm dò khai thác khoáng sản 109 và Xí nghiệp Thăm dò khảo sát thiết kế.

Hai đơn vị hạch toán phụ thuộc là Công ty Địa chất mỏ - TKV và Công ty Kinh doanh bất động sản - TKV sẽ được Hội đồng thành viên TKV chuyển thành công ty TNHH một thành viên do Công ty mẹ - TKV làm chủ sở hữu 100% vốn điều lệ. Hai đơn vị hạch toán phụ thuộc Công ty mẹ - TKV được sắp xếp lại gồm: chuyển Tạp chí Than - Khoáng sản Việt Nam và Trung tâm Y tế lao động - TKV thành đơn vị sự nghiệp hạch toán độc lập của Tập đoàn và chuyển Công ty Năng lượng Sông Hồng - TKV thành Ban quản lý các dự án than đồng bằng Sông Hồng - Vinacomin.

Viện Khoa học công nghệ mỏ, Viện cơ khí năng lượng mỏ và mỏ cũng được Thủ tướng cho phép chuyển sang hoạt động theo mô hình tổ  chức khoa học và công nghệ công lập theo Nghị  định số 115/2005/NĐ-CP ngày 5/9/2005 của Chính phủ  về quy định cơ chế tự chủ, tự  chịu trách nhiệm của tổ chức khoa học và công nghệ công lập. Các công ty cổ phần: Than Cọc Sáu, Than Cao Sơn, Than Đèo Nai và Alumin Nhân Cơ - TKV được tổ chức lại thực hiện theo đúng quy định của pháp luật.