Theo yêu cầu của Bộ Tài chính, cơ quan thuế các địa phương phải có biện pháp thực hiện giải quyết hoàn thuế nhanh, đặc biệt là hồ sơ đề nghị tạm hoàn thuế GTGT đầu vào đối với hàng hoá thực xuất khẩu nhưng chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng; xử lý nghiêm đối với bộ phận, cán bộ vi phạm quy trình hoàn thuế dẫn đến kéo dài thời gian giải quyết hoàn thuế cho doanh nghiệp. 

Thứ  trưởng Bộ Tài chính, ông Đỗ Hoàng Anh Tuấn cho biết, trong trường hợp doanh nghiệp vừa đề nghị tạm hoàn thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, vừa  đề nghị tạm hoàn thuế đối với hàng hoá  bán trong nước trong cùng 1 hồ sơ hoàn thuế  thì cơ quan thuế phải có trách nhiệm tách số liệu liên quan đến thuế GTGT đầu vào của hàng hoá xuất khẩu chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng để giải quyết hoàn thuế ngay, số thuế còn lại sẽ thực hiện hoàn thuế theo chế độ quy định.